Le jeu commence avec l'écran de chargement de GameFreak Inc., sauf qu'il n'y a que le logo de visible. Suit le personnage, normal, nommé "..." avec pour ID 18713, de l'argent et temps de jeu au maximum, le Pokédex rempli à 251 espèces et tous les badges des champions. Il possède 6 Pokémon sur lui : 5 Zarbi formant le mot "L-E-A-V-E" et un Héricendre nommé HURRY (ce qui donne "leave hurry", traduit littéralement par "Pars vite"). Les Zarbi ont tous leurs PV, mais le Héricendre n'a qu'un PV. Il se retrouve dans ce qui semble être une tour.
Dans la salle suivante, le joueur se trouve dans le noir, avec les signaux émis sur le jeu normal par les Zarbi, à la fréquence 13,5 écoutées dans les Ruines d'Alpha. L'utilisateur doit utiliser la capacité Flash du Héricendre pour se trouver dans une salle rouge, avec un long couloir gris. Plus le joueur s'avance dans le couloir, plus il s'assombrit. Au bout de celui-ci se trouve comme un panneau, où il y a écrit TURN BACK NOW (FAIS DEMI-TOUR MAINTENANT). Deux choix s'offrent au joueur : YES (OUI) ou NO (NON). Si l'utilisateur choisit YES, il se retrouve avec le Héricendre HURRY K.O. La musique de la Radio PokéFlûte peut alors être entendue. Les Pokémon du joueur ont alors changé, pour devenir tous des Zarbi, formant le mot "H-E-D-I-E-D" (IL EST MORT). Le personnage se retrouve sans bras sur sa Carte Dresseur.
Une fois que le joueur a regardé sa Carte Dresseur, il se retrouve dans un endroit rempli de tombes. Si le joueur fait cinq pas, il se bloque, se met à tourner, se retrouve dans une salle rouge et la musique s'arrête. Le joueur est alors blanc, les yeux rouges. Sur sa Carte Dresseur, le joueur est tout blanc, semble avoir des larmes de sang sous ses yeux, et ne possède ni bras, ni jambes. Les Zarbi reviennent à 5, formant le mot "D-Y-I-N-G" (MOURANT), suivi d'un Celebi chromatique de niveau 100.
Deux choix s'offrent au joueur : aller à gauche ou à droite. Dans les deux cas, il s'agit d'un long couloir rouge, séparé d'un long mur de l'autre côté. À gauche, on peut voir des personnes blanches aussi, à qui on ne peut parler. Il y en a 5 au total. À droite, il n'y en a que 4. Au bout du couloir, le résultat est le même. On voit, à la fin, le mur cassé, et le sprite du rival. Il veut alors combattre le joueur. Lui aussi est décoloré, et ne porte pas de nom. Il n'a qu'un Pokémon, comme le joueur, qui en avait 6 avant. La chanson de la radio PokéFlûte se joue à l'envers. Le rival envoie un Pikachu mâle qui semble triste. Il est de niveau 255, ce qui fait référence au Bug de la rive droite de Cramois'île. Le joueur ne peut utiliser que Requiem comme attaque. Pikachu commence le combat avec l'attaque Malédiction : sa vitesse baisse, mais son attaque et sa défense augmentent. Celebi attaque donc avec Requiem, ce qui fait que les deux Pokémon seront K.O. au bout de 3 tours. Pikachu attaque ensuite avec Fléau, et Celebi perd 23 PV. Pikachu utilise ensuite Frustration, et Celebi perd 291 PV. Celebi réplique en utilisant Balance, donc il récupère 145 PV, et Pikachu perd plus de deux tiers des siens. Pikachu utilise Regard Noir. C'est alors qu'est marqué "CELEBI has died!" (CELEBI est mort!), bien qu'habituellement il y aurait écrit "CELEBI has fainted!" (CELEBI est K.O.!). Pikachu continue d'attaquer, en utilisant Prélèvement Destin, qui échoue. Ensuite est aussi marqué "PIKACHU has died!" (PIKACHU est mort!). Le Pikachu s'efface, et le rival dit "...". Le joueur est alors totalement transparent : seul les traits apparaissent. Il a l'air de flotter quand il marche. Sur sa Carte Dresseur n'apparaît que sa tête, avec des larmes de sang. Les Pokémon deviennent des Zarbi chromatiques formant ces lettres : "N-O-M-O-R-E" (PAS PLUS).
Le joueur est en réalité dans une chambre, bien qu'il ne puisse interagir avec l'environnement, comme la télévision ou la radio. Quand il descend des escaliers, il se trouve dans le bas d'une maison. Quand il essaye de sortir, ses traits deviennent blanc et il traverse le fond noir supposé être infranchissable normalement. Au bout d'une assez longue traversée se trouve un rectangle beige. En le traversant, le joueur redevient "noir", et doit traverser une autre longue allée, jusqu'à voir un deuxième personnage : le joueur, mais normal. Quand le joueur lui parle, il répond "Goodbye forever ..." (Adieu ...). Il disparaît, et une bulle dit "??? used NIGHTMARE!" (??? a utilisé CAUCHEMAR!). Le joueur s'envole alors vers le même endroit peuplé de nombreuses tombes, mais cette fois il ne peut se déplacer, et semble être invisible, comme l'indique sa Carte Dresseur. Ses badges, alors tous acquis, se sont envolés, et les têtes des champions sont devenues des crânes. Les Zarbi changent en redevenant normaux, et forment cette suite : "I-M-D-E-A-D" (JE SUIS MORT). Le joueur réalise que l'endroit où il était est en fait un cimetière, et qu'il se trouve sur sa propre tombe.
Après avoir regardé ses Pokémon, une bulle apparaît disant "R.I.P. ..." (Repose En Paix ...), et le jeu ne peut ensuite plus être contrôlé.
Partie cachée(Une variante est cachée dans le jeu. En effet, au niveau du panneau au bout du long couloir qui s'assombrit, si l'on choisit quatre fois l'option "NO" (NON), une autre histoire se déroule.)
Après ceci, HURRY, le Héricendre, a (la bulle n'écrit que "HURRY has", mais il est supposé qu'il est K.O. (HURRY has fainted!)). Seulement, le joueur se retrouve dans la même salle plus petite et sans le panneau. Les Pokémon se changent alors en Zarbi aux yeux rouges (ils ne sont pas chromatiques) et leur message forme T-O-O-B-A-D (DOMMAGE).
Il est à noter que ces Zarbi ne font pas de cri. Pour repartir au début du couloir, le personnage commence premièrement à aller à reculons jusqu'à s'assombrir au point qu'il est invisible comparé au couloir déjà assombri. Au bout du couloir, le personnage est tout noir, et marche toujours à reculons. Sa Carte Dresseur n'a pas changé, mais le début si : un escalier pour descendre apparaît au fond de la salle. Une fois dans la nouvelle salle, la musique semble s'accélérer, et les Zarbi ont changés, formant le mot R-E-L-I-V-E (REVIS).
Cette salle est de la même couleur que la précédente, et le personnage est toujours noir. Il doit franchir 4 virages avant de devoir descendre pour tomber dans une sorte de trou. Il se trouve alors sur une montagne rocailleuse, face à lui, puis un flash fait disparaître cet autre personnage. Sauf que le personnage, au moment où il se retourne, se retrouve dépossédé de son visage, ce qui laisse penser à une autre creepypasta nommée Slenderman. Ses Pokémon sont alors quatre Zarbi X (toujours avec un oeil rouge), un Typhlosion sans yeux (de même pour sa miniature) et un œuf.
La carte dresseur de ... montre qu'il n'a pas d'yeux, de même pour les champions. Un peu plus bas dans la montagne, PLEASE! (S'IL VOUS PLAIT!) a eu (de même que pour le HURRY, où la bulle ne montre que "PLEASE! has". Au bout du chemin, une nouvelle bulle apparaît disant "PLEASE! has p" (PLEASE! a p). Une porte mène à la sortie de ce qui était en réalité une grotte, et mène à ce qui ressemblerait à la cave de Oliville, notamment avec la musique plus lente et à l'endroit. Les Zarbi se sont changés pour former le mot D-E-N-Y (NIER).
Une chose paraît étrange : l'eau n'est pas en mouvement. Si l'utilisateur revient dans la cave, un Héricendre sans nom apparaît dans ses Pokémon. Il a les mêmes statistiques que HURRY.
Quand le joueur va à gauche, une bulle marque "?". Une fois que le jour atteint la sortie, la même musique est jouée plus lentement encore. A un endroit de la pièce, une bulle apparaît pour dire " is thrashing about!" ( se débat!).
Quand le personnage sort, il peut voir un endroit en noir et blanc, et la musique s'arrête. Les hautes herbes ne montrent pas de Pokémon. Au bout se trouvent le rival et un Aligatueur.
Quand le joueur parle au rival, il se retourne.
Quand le joueur parle au Pokémon, il dit "(..WHERE?)" ((..OÙ?)) et un combat commence.
Le combat possède une musique moins "peaufinée" que l'habitude. L'Aligatueur se présente aveugle, sans nom, mâle, de niveau 90, sauvage et sans ses cornes rouges. Durant le combat, le joueur semble pouvoir choisir quoi faire, cependant toutes les options mènent au sac. Il possède un objet nommé [] [] qui endort l'ennemi. Bien qu'il n'y en ait qu'un exemplaire, l'objet peut être utilisé à chaque tour, et celui-ci continuera d'endormir le Pokémon déjà endormi.
Sur le combat, le Héricendre ne possède plus les mêmes attaques. En effet, toutes ont été remplacées par NIGHTMARE (CAUCHEMAR). Quand le Pokémon adverse est en train de cauchemarder, le fond de l'écran devient alors rouge, et l'ennemi devient rapidement K.O. Le Pokémon sauvage se change pendant un court moment en Kaiminus classique, et tombe.
Revenu sur le terrain, un flash le fait disparaître, ne laissant plus que le rival de face. Quand le joueur parle au rival, celui-ci dit "Even..." (Même...), et il disparaît. Alors, le joueur doit remonter à l'entrée de la grotte, qui l'envole dans une ville ressemblant à Doublonville en gris et blanc, avec une musique répétitive. Les Zarbi donnent cette fois le message H-E-L-P (A L'AIDE).
Dans la ville se trouvent des villageois sans yeux non plus. Ceux-cis montrent une photo de Zarbi aux yeux saignants, puis disparaissent. Les lettres sont les suivantes : D-I-W-Y-H-O-R-E-U-A-O-K. Quand toutes les lettres ont été trouvées, le personnage s'envole dans la même ville, mais en violet (et non en gris) avec une musique plus lente. Les villageois sont cette fois décolorés, et semblent attendre dans un certain ordre. Ils montrent eux aussi des Zarbi aux yeux rouges, avec ces lettres dans l'ordre d'apparition des personnages : W-H-O-A-R-E-Y-O-U-K-I-D (QUI ES-TU GAMIN), qui semble être l'ordre des lettres précédentes.
Alors, au bout se trouve une maison. Quand le personnage entre dedans, il s'envole, et voit un soi décoloré fuir vers le chemin. Les Pokémon ont changés. Les Zarbi forment le message X-X-X-X-X, avec le même Héricendre.
Au bout du chemin où à fui la personne se trouve une tour ressemblant à la Tour Pokémon, mais de l'intérieur elle ressemble à la Tour Ferraille. Devant se trouve un panneau, avec pour message "GOLD?". Une fois dans la tour, une bulle dit "SAVE YO... has forgotten NIGHTMARE!" (SAUVE-TOI... a oublié CAUCHEMAR!). Cependant, le Héricendre n'a pas oublié Cauchemar. Les Pokémon se sont changés, et les Zarbis forment L-E-A-V-E (PARS).
Au milieu de cette salle, une bulle dit "GO AWAY..." (VAS-T-EN...). Dans le pilier du milieu, le personnage le traverse et semble aller ailleurs dans cet endroit. Les Pokémon restent les mêmes, seulement, les Zarbis ne "pleurent" plus du sang, et les miniatures des Zarbi redeviennent normales. Le Héricendre reprend aussi pour nom "HURRY", ce qui donne pour message L-E-A-V-E-HURRY (PARS VITE). Il semblerait que le joueur revienne au début du jeu. Le personnage a repris ses yeux, comme sur sa carte dresseur et les champions. En essayant de rechoisir 4 fois "NO" dans le panneau à la fin, il n'y a l'air de rien se produire.